هیأت امنا عالی‌ترین رکن و مرجع تصمیم‌گیری در دانشگاه است که وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات ۱۸۱ و ۱۸۳ مورخ ۱۳۶۷/۱۲/۰۹ شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب ۱۳۶۹/۱۰/۱۸ مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.
دانشگاه‌های دولتی وابسته به وزارت عتف در استان یزد شامل دانشگاه یزد، دانشگاه اردکان و دانشگاه میبد بوده که همگی در قالب یک هیأت امنا اداره می‌شوند. در حال حاضر این هیأت امنا دارای ۶ عضو حقوقی و ۶ عضو حقیقی به شرح زیر بوده و دبیرخانه آن در دانشگاه یزد مستقر می‌باشد.
اعضای حقوقی
• دکتر محمد علی زلفی‌گل
وزیر علوم، تحقیقات و فناوری (رئیس هیأت امنا)
• دکتر محمد سلیمانی
قائم مقام وزیر و رئیس مرکز هیأت‌های امنا و هیأت‌های ممیزه
• دکتر محمدحسین امید
رئیس کمیسیون دائمی هیأت امنا
• دکتر عباس کلانتری خلیل آباد
رئیس دانشگاه یزد (دبیر هیأت امنا)
• دکتر احمد فتاحی اردکانی
رئیس دانشگاه اردکان
• دکتر عباس نیک‌نژاد
رئیس دانشگاه میبد
اعضای حقیقی
• دکتر جلیل شاهی
• دکتر شایسته دادفرنیا
• دکتر محمدعلی طالبی
• مهندس حبیب‌الله بیطرف
• مهندس سیدابوالفضل موسوی بیوکی
• مهندس محمدحسین فنایی
