انجمن‌های علمی با عنایت به راهبرد «سازماندهی و تقویت انجمن‌ها و جمعیت‌های علمی به منظور ایفای نقش مرجعیت علمی و ارتقای مشارکت در تصمیم‌سازی‌ها و توسعه، ترویج و انتشار علم و فناوری» که در سند «نقشه جامع علمی کشور» مورد تأکید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری می‌باشد، تشکیل می‌گردند. این انجمن‌ها ظرفیتی برای حضور نخبگان علمی در دانشگاه هستند. لذا به منظور حمایت، تقویت و ترویج فرهنگ و اخلاق علمی در دانشگاه‌های کشور، تقویت روحیه و بنیه علمی دانشجویان مستعد و توانمند و فراهم آوردن زمینه‌‌‌های مناسب برای فعالیت‌های جمعی علمی، همچنین بهره‌مندی از توانمندی و خلاقیت دانشجویان در تحقق توسعه علمی و نهضت تولید علم و جنبش نرم‌افزاری؛ انجمن‌های علمی دانشجویی و اتحادیه‌های انجمن‌های علمی دانشجویی حوزه‌های مختلف دانش با حمایت دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی کشور طبق آیین‌نامه انجمن‌ها تشکیل می‌شوند و به فعالیت می‌پردازند. در حال حاضر ۱۸ انجمن علمی در دانشگاه اردکان مشغول به فعالیت می باشند.
 

انجمن‌های علمی دانشکده فنی و مهندسی

• مهندسی شیمی
• مهندسی صنایع
• ​​​​​​مهندسی مکانیک
• مهندسی عمران
• مهندسی کامپیوتر
• مهندسی برق و علوم مهندسی

 

انجمن‌های علمی دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی

• مهندسی محیط زیست
• علوم و مهندسی آب
• اقتصاد کشاورزی
• علوم و مهندسی باغبانی

 

انجمن‌های علمی دانشکده علوم انسانی و اجتماعی

• فقه و مبانی حقوق
• علوم سیاسی
• مدیریت
• اقتصاد اسلامی
• مشاوره

 

انجمن‌های علمی دانشکده پیرادامپزشکی

• دامپزشکی