مأموریت دانشکده پیرادامپزشکی دانشگاه اردکان، اطمینان حاصل از آموزش دانشگاهی مستمر و با کیفیت بالا و مادام‌العمر، با در نظر گرفتن تمایلات توسعه و نیازهای جامعه، ارائه فعالیت‌های پژوهشی در سطوح بالا در زمینه‌های دامپزشکی، علوم دامی و جانوری، بافت‌شناسی، جنین‌شناسی، آزمایشگاهی، سلول‌های بنیادی و صنایع غذایی می‌باشد.