هیأت امنا عالی‌ترین رکن و مرجع تصمیم‌گیری در دانشگاه است که وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ 1367/12/09 شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب 1369/10/18 مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.

دانشگاه‌های دولتی وابسته به وزارت عتف در استان یزد شامل دانشگاه یزد، دانشگاه اردکان و دانشگاه میبد بوده که همگی در قالب یک هیأت امنا اداره می‌شوند. در حال حاضر این هیأت امنا دارای 6 عضو حقوقی و 6 عضو حقیقی به شرح زیر بوده و دبیرخانه آن در دانشگاه یزد مستقر می‌باشد.

اعضای حقوقی

• دکتر محمد علی زلفی‌گل

وزیر علوم، تحقیقات و فناوری (رئیس هیأت امنا)

• دکتر محمد سلیمانی

قائم‌ مقام وزیر و رئیس مرکز هیأت‌های امنا و هیأت‌های ممیزه

• دکتر محمدحسین امید

رئیس کمیسیون دائمی هیأت امنا

• دکتر عباس کلانتری خلیل آباد

رئیس دانشگاه یزد (دبیر هیأت امنا)

• دکتر احمد فتاحی اردکانی

رئیس دانشگاه اردکان

• دکتر عباس نیک‌نژاد

رئیس دانشگاه میبد

اعضای حقیقی

• دکتر جلیل شاهی

• دکتر شایسته دادفرنیا

• دکتر محمدعلی طالبی

• مهندس حبیب‌الله بیطرف

• مهندس سیدابوالفضل موسوی بیوکی

• مهندس محمدحسین فنایی