در ابتدا این دانشکده با عنوان دانشکده منابع طبیعی و کویرشناسی به همت هیأت امنای مرکز آموزش عالی اردکان و با موافقت دانشگاه یزد در سال ۱۳۷۴ به عنوان یکی از واحدهای اقماری دانشگاه یزد و با پذیرش دانشجو در رشته کارشناسی ناپیوسته مرتع و آبخیزداری شروع به فعالیت کرد. روند پذیرش دانشجو تا سال ۱۳۸۳ در همین تک رشته ادامه داشت تا این‌که در مهرماه این سال، رشته کارشناسی ناپیوسته محیط زیست و در سال ۱۳۸۶ کارشناسی ناپیوسته احیاء مناطق خشک و بیابانی به این مجموعه اضافه گردید. اولین گروه از دانشجویان کارشناسی پیوسته مرتع و آبخیزداری در سال ۱۳۸۹ برای فراگیری علم و دانش وارد دانشکده شدند. در سال ۱۳۹۰ مرکز آموزش عالی اردکان به مجتمع آموزش عالی اردکان و در سال ۱۳۹۲ به دانشگاه اردکان ارتقا یافت که به تدریج نام این دانشکده به دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی تغییر پیدا کرد و علاوه بر دوره‏‌های کارشناسی و کارشناسی ارشد مرتع وآبخیزداری و احیاء و بهره‌برداری از مناطق بیابانی (مهندسی طبیعت)، دوره‌‏های کارشناسی و کارشناسی ارشد در رشته‌های مهندسی اقتصاد کشاورزی، علوم و مهندسی باغبانی، علوم و مهندسی محیط زیست، علوم و مهندسی آب به مجموعه رشته‏‌های این دانشکده اضافه شد. در طول سال‏‌های گذشته، بزرگوارانی چون دکتر محمدعلی حکیم‌زاده اردکانی، دکتر علی طالبی، دکتر احمد فتاحی اردکانی، دکتر مجید صادقی‌نیا، مرحوم دکتر محمد حسین حکیمی میبدی، دکتر علی فتح‌زاده و دکتر سمیه سلطانی در دوره های پیشین، مسئولیت دانشکده را بر عهده داشته‏‌اند. دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی در حال حاضر با دارا بودن انواع آزمایشگاه‌های تخصصی در حوزه کشاورزی و منابع طبیعی و همچنین گلخانه و مزرعه تحقیقاتی در ۵ رشته کارشناسی در مجموع ۳۲۸ دانشجو و در ۱۵ گرایش کارشناسی ارشد، ۲۳۰ دانشجو، به عنوان قدیمی‌ترین دانشکده دانشگاه اردکان مشغول به فعالیت آموزشی و پژوهشی است.